Home Penelitian Biokimia
Tuesday, 01 February 2011 18:13

Prediksi Epitop Sel T dan Sel B dari Protein M2
Virus Flu Burung (H5N1) Strain Indonesia
sebagai Kandidat Vaksin Berbasis Peptida
secara Imunoinformatika

Iwan Setiawan, Abdul Mutalib, Ukun M. S. Soedjanaatmadja


Kasus flu burung di Indonesia telah meluas sejak tahun 2005 dengan angka kasus kematian yang sangat tinggi dengan Case Fatality Rate (CFR) mencapai 82,53% pada tahun 2010 dan menempati urutan teratas dengan kasus suspect terbanyak. Flu burung disebabkan oleh virus influensa tipe A strain H5N1 yang senantiasa bermutasi sehingga bersifat sangat patogen dan menyebabkan wabah prapandemi. Protein M2 berpotensi sebagai epitop dan juga antivirus yang dapat dihambat oleh amantadine dan rimantadine. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi dan memodelkan epitop sel T dan sel B dari protein M2 virus flu burung (H5N1) sebagai kandidat vaksin peptida dengan metode imunoinformatika. Sekuen protein M2 H5N1 diambil dari server NCBI, kemudian ditentukan daerah lestarinya menggunakan software Accelrys DS 2.5, diambil peptida non-self yang dianalisis dengan blastp NCBI, dan ditentukan epitop sel T dan sel B dengan server-server tervalidasi. Epitop sel T terprediksi dibuat model molekulnya dan dilakukan simulasi molecular docking epitop-MHC menggunakan Autodock Vina 1.0.3 untuk penentuan interaksi dan perhitungan energi pengikatan. Dari penelitian ini diperoleh masing-masing epitop dengan sekuen 3LLTEVETPT dan 4LTEVETPTR  untuk epitop sel T kelas I, 1MSLLTEVETPTRNEW dan 32IIGILHLILWILDRL untuk epitop sel T kelas II, serta  8ETPTRNEW untuk epitop sel B.

 

 
<< Start < Prev 1 2 3 4 5 6 7 Next > End >>

Page 7 of 7